ينص القانون على أن المركز يهدف إلى حماية البيانات الشخصية وتنظيم معالجتها وإتاحتها، ويحق له وضع السياسات والخطط الاستراتيجية والبرامج اللازمة لذلك، وتوحيد سياسات الحماية على مستوى الجمهورية، ووضع الضوابط والإجراءات والمعايير الخاصة بها.

كما يشمل اختصاصاته إصدار الإرشادات لمدونات السلوك المتعلقة بالبيانات الشخصية، واعتماد هذه المدونات لدى الجهات المختلفة، والتنسيق مع الجهات الحكومية وغير الحكومية، ودعم تطوير الكوادر البشرية العاملة في مجال الحماية، وإصدار التراخيص والموافقات المتعلقة بالقانون، وتلقي الشكاوى والبت فيها، والرقابة على المخاطبين بأحكامه، والتحقق من شروط نقل البيانات عبر الحدود، وتنظيم الفعاليات التوعوية، وتقديم الاستشارات للجهات القضائية والتحقيقية، وإبرام الاتفاقيات الدولية، وإصدار الدوريات الخاصة بتحديث إجراءات الحماية، وإعداد تقرير سنوي عن حالة الحماية في مصر.

ويقع مقر المركز الرئيسي في محافظة القاهرة أو إحدى المحافظات المجاورة لها.