يتفوق الفلفل الأحمر قليلاً على الأصفر في محتواه من فيتامين C، إذ يحتوي كل 100 غرام منه على 142 مليغراماً مقابل 139 مليغراماً في الأصفر، لكن كلا النوعين يتجاوزان الكمية اليومية الموصى بها من هذا الفيتامين. كما يحتوي الأحمر على 26 سعرة حرارية و1.2 غرام ألياف، بينما يحتوي الأصفر على 31 سعرة وغرام واحد من الألياف.

ويختلف النوعان في نوع مضادات الأكسدة: فالفلفل الأصفر غني بمركب الفيولاكسانثين، بينما يحتوي الأحمر على الكابساثين والليكوبين. أما من حيث المعادن، فيقدّم الأحمر كميات أعلى قليلاً من البوتاسيوم والمغنيسيوم، بينما يتقدم الأصفر طفيفاً في محتواه من الكالسيوم. ويؤكد الخبراء أن التنوّع في تناول الخضراوات يبقى أساسياً للحصول على عناصر غذائية متنوعة.

وتتغير ألوان الفلفل الحلو مع نضجه، بدءاً من الأخضر ثم الأصفر والبرتقالي والأحمر، مع تغيرات تدريجية في تركيبته الغذائية حسب المرحلة. ولا يُعتبر الاختلاف في اللون وحده سبباً كافياً لتفضيل نوع على آخر.